La Chiesa, sorta nell’area della murazione dell’acropoli della Neapolis greca, grazie al recente restauro (non del tutto completato) è oggi una delle più significative testimonianze della peculiarità del centro antico di Napoli, interamente sito Unesco, di aver mantenuto intatta la sua morfologia sulla stessa giacitura insediativa della fondazione, pur essendo stato sempre abitato.
L’aspetto attuale della chiesa risale agli inizi del XVI secolo, quando, sul nucleo originario di Santa Maria Intercede La chiesa cinquecentesca, a navata unica, presentava decorazioni in marmo di straordinaria qualità: archi, monumenti sepolcrali, altari, lapidi e sculture in candido marmo di Carrara evocavano un preciso ideale rinascimentale di emulazione dell’antichità attraverso l’uso dello stesso materiale incorruttibile, capace di donare eternità all’immagine raffigurata. Tra le opere più significative, sottratte all’incuria e ai ripetuti furti che hanno causato gravissimi danni alla chiesa, spicca l’altare maggiore con la bellissima tavola di Girolamo Santacroce in marmo, a mezzo rilievo (1517-1520 circa). Del partito ornamentale e scultoreo della chiesa restano ancora, nel transetto sinistro, la statua raffigurante Santa Dorotea, opera di Giovanni da Nola del 1534, il rilievo con la Madonna in trono di Annibale Caccavello e Giandomenico D’Auria nella quarta cappella a destra, dedicata alla famiglia Lottieri, i frammenti dei sepolcri dell’abate Giulio Poderico e di Paolo Poderico, ai lati della controfacciata.
La chiesa ha subito danni ingentissimi sia durante il secondo conflitto mondiale che con il terremoto del 1980. Il crollo del tetto e i dissesti comportarono fenomeni di spoliazione e saccheggio. L’allarme lanciato dalla cultura napoletana per la perdita di un siffatto monumento hanno fatto sì che sul finire degli anni ’80 partisse un processo di restauro che ha visto l’impegno unitario delle tre Soprintendenze, ai Beni Archeologici, ai Beni Architettonici e ai Beni Storico-Artistici. A Napoli, (ma in generale in Campania e nel Meridione) il culto di Sant’Agnello è molto sentito dai fedeli. Il Santo è compatrono della città di Napoli e venerato al pari del Patrono San Gennaro, da cui si distingue perché anche di nascita napoletana. Visto che il crollo del pavimento della navata centrale ha fatto emergere tratti delle murazioni greche del IV sec. a.C e romane del II sec. d.C., nonché tombe a fossa del periodo altomedioevale, si è optato, molto opportunamente, per un restauro che ha consentito di valorizzare tali preesistente creando un vuoto nella navata centrale contornato, mediante un gradino intermedio, ad una passerella continua in vetro strutturale collocata lungo il perimetro interno.
